Ciò che hai fatto è corretto. Se l'acqua che esce adesso è pulita e la penna è ancora bloccata, occorre fare qualcosa di diverso.
Se hai rimosso, come mi pare di capire, il gruppo pennino/alimentatore, potresti provare ad usare una siringa per "sparare" attraverso l'ago l'acqua intorno allo stantuffo: ciò dovrebbe sciogliere ancora qualche incrostazione di quelle indiziate di essere responsabili del blocco. Puoi anche spruzzare del lubrificante spray dotato di cannuccia, tipo il WD-40, e lasciarlo agire tenendo la penna in piedi (non danneggia in alcun modo il materiale della penna). Un poco sarà opportuno spruzzarlo nella zona del fondello sperando che possa penetrare e ridurre l'attrito anche in quella zona.
Penso che alla fine sarà comunque inevitabile forzare sul fondello perché è necessario che il pistone si "scolli" dalla posizione attuale. Comunque la Pelikan sono piuttosto robuste e reggono abbastanza bene i maltrattamenti. Purché logicamente non si esageri...