Se ci allegassi delle foto avremmo più chiaro il problema e la sua rilevanza, ed opinioni e suggerimenti più mirati.
Mah!... Raccontata così la cosa porterebbe a pensare ad effetti di normali tolleranze, che proprio volendo possano essere entrambi rimediati con un lavoro non proprio banalissimo ma fattibile: riducendo di una quantità minima la lunghezza del l'interno cappuccio la penna si avviterebbe ancora di una porzione di giro riducendo lo spazio che attualmente vedi tra corpo e cappuccio; inoltre, andando per tentativi si può regolare la lunghezza dell'interno cappuccio in modo che le faccette delle penna e del cap si trovino allineate.
Se sei un perfezionista vale la pena di sobbarcarsi l'onere, se invece riesci a tollerare questi piccolissimi difetti, tienila così, che la maggior parte della gente probabilmente non ci farà neppure caso.